Neuropsykologisen kuntoutuksen perusteena voivat olla kielenkehityksen erityisvaikeudet, lukivaikeudet, matematiikan oppimisvaikeudet sekä tarkkaavaisuuden ja toiminnanohjauksen alueella todetut vaikeudet.
Kuntoutuksen maksajana voi olla kunnan terveyskeskus, keskussairaala tai vakuutusyhtiö. Kuntoutus perustuu aina tarkkaan neuropsykologiseen tutkimukseen, joka tehdään laaja-alaisena tai täydentävänä kuntoutusjakson alkaessa. Tutkimuksen perusteella laaditaan yksilölliset kuntoutustavoitteet.
Kuntoutuksessa harjoittelua suunnataan suoraan vaikeutta tuottaviin toimintoihin sekä toisaalta lapsen vahvuusalueisiin sekä yksilöllisten oppimistapojen ja strategioiden vahvistamiseen. Neuropsykologisen kuntoutuksen onnistuminen ja pysyvämpien tulosten saavuttaminen edellyttää usein pitkähkön 1-2 vuoden kuntoutusjakson. Joissakin tapauksissa kuntoutusta on perusteltua jatkaa 3-4 vuotta lapsen toimintakyvyn ja oppimisen myönteisen edistymisen turvaamiseksi.
Neuropsykologisen kuntoutuksen olennainen osa on yhteistyö vanhempien ja koulun kanssa, joka käytännössä toteutuu ohjanta- ja palautekeskusteluissa sekä opettajille suunnatuissa neuropsykologissa konsultaatioissa. Tavoitteena on kuntoutuksen aikana poistaa ja lievittää oppimisen esteitä, löytää selviytymiskeinoja, vahvistaa lapsen itsetunnon kehitystä ja positiivisen kehityspolun löytymistä. Yhteistyö perheen ja koulun kanssa lisää ympäristön tietoisuutta lapsen yksilöllisistä oppimisedellytyksistä ja – tavoista.